如何获得比野外普通掉落物品更加好的装备和道具呢?大家都会异口同声说道：副本!没错，明珠三国也拥有副本，但是，不再仅仅是传统意义中如此普通、随意组队就可一刷到底了，而是类似魔兽世界的副本系统，注重玩家的配合，注重地形的运用，注重技能的释放以及冷却时间，绝非单枪匹马全盘搞定!当然，副本完成后会有丰厚的奖励，掉落大量绿色、蓝色甚至紫色史诗装备。
副本区域可以让玩家组队在独有的地区中进行更个人的体验、探索、冒险或完成任务，进行更高难度的游戏挑战。副本是专为玩家和其的团队设计的，仅有玩家及其队友能进入，其他任何人都不能进入此副本，可让玩家在探索区域时不会受到外来的干扰，这样可以解决许多游戏中遇上的诸如蹲点、打宝等问题。
在副本中的怪物更强大，攻击、防御和血量都远高于普通怪。因此玩家将必须进行团队合作，合理搭配职业组队非常重要。
明珠三国中的副本包括：30级河东副本(普通和英雄两个难度)、50级古墓副本(普通和英雄两个难度)、70级天龙阵副本(普通和英雄难度)
